Die Kontrolle der Betriebe und die Probennahme erfolgt in der Lebensmittelüberwachung risikoorientiert. Besondere Aufmerksamkeit gilt Betrieben, die Lebensmittel herstellen, bearbeiten oder verkaufen, von denen ein erhöhtes Risiko für den Verbraucher ausgehen kann. Risikoarme Branchen werden entsprechend weniger kontrolliert. Die Zahl der Beanstandungen ist deshalb nicht repräsentativ für das Marktangebot und erlaubt nur eingeschränkt Rückschlüsse auf die Qualität der Lebensmittel insgesamt. Durch Zusammentreffen mehrerer Beanstandungsgründe bei einem Betrieb bzw. bei einer Probe kann die Anzahl der Beanstandungen höher sein als die der beanstandeten Betriebe beziehungsweise Proben.

Bundesüberwachungsprogramm (BÜP)

Grundlage des jährlich durchgeführten Bundesweiten Überwachungsplanes ist ein für ein Jahr festgelegter Plan über die zwischen den Ländern abgestimmte Durchführung von amtlichen Kontrollen zur Überprüfung der  Einhaltung der lebensmittelrechtlichen, weinrechtlichen und tabakrechtlichen Vorschriften. Er kann Programme enthalten zu Produkt- und Betriebskontrollen oder einer Kombination aus beidem.

Im Gegensatz zum Monitoring ist der Bundesweite Überwachungsplan ein risikoorientiertes Überwachungsprogramm. Das heißt, dass die Auswahl der zu untersuchenden Proben und der zu kontrollierenden Betriebe gezielt auf Basis einer Risikoanalyse erfolgt. Im Rahmen des bundesweiten Überwachungsplanes können Lebensmittel, kosmetische Mittel und Bedarfsgegenstände untersucht werden. Die Untersuchungen können dabei beispielsweise die folgenden Aspekte abdecken: chemische und mikrobiologische Parameter, die Anwendung bestimmter Verfahren oder die Überprüfung von Kennzeichnungselementen. Die Durchführung des BÜP regelt der § 15 AVV RÜb (AVV RÜb = Allgemeine Verwaltungsvorschrift Rahmenüberwachung). 

Ziele des bundesweiten Überwachungsplans
Ziel des Bundesweiten Überwachungsplanes ist es, bundesweite Aussagen über die Einhaltung lebensmittelrechtlicher, weinrechtlicher und tabakrechtlicher Vorschriften einschließlich Täuschungsschutz zu erhalten. Gerade bei neuen gesetzlichen Regelungen wie beispielsweise neu eingeführten Höchstmengen oder geänderten Kennzeichnungsvorschriften sind bundesweite Aussage zum Grad der Umsetzung bzw. der Verstöße von Interesse. Außerdem werden im Bundesweiten Überwachungsplan auch häufig Daten zur Klärung von aktuellen Fragestellungen und zur Festlegung vorläufiger Höchstgehalte erhoben. Die Auswahl der zu untersuchenden Proben und der zu kontrollierenden Betriebe im Bundesweiten Überwachungsplan erfolgt dabei immer risikoorientiert, das heißt gezielt auf Basis einer Risikoanalyse.